Coulson recruta Mike Peterson para a sua equipe de apoio super-soldado, quando os soldados que trabalham para o Projeto Centopéia libertam Edison Po ( Cullen Douglas ) da prisão após a sua perfeição do soro Centopéia. A equipe de Coulson rastreia um potente soldado Centopéia chamado Brian Hayward em uma fábrica abandonada, e cai em uma emboscada por um esquadrão de potentes soldados Centopéia. Quando Edison e Raina veem que Peterson ainda tem seus poderes, apesar de não ter tomado uma injeção por algum tempo, eles percebem que ele é a chave para o estágio 3 de seu plano. A equipe de Coulson descobre que os soldados foram submetidos ao mesmo procedimento do olho que Akela Amadour foi submetida. Edison diz a Raina que ele disse ao clarividente sobre ela e que a última pessoa que tentou descobrir quem é o clarividente foi esfaqueado até a morte. Enquanto isso, como Skye investiga o mistério sobre seus pais, Coulson e May são obrigados a esconder informações dela. Quando Peterson entra em contato com seu filho Ace, ele descobre que ele foi raptado pelo Projeto Centopéia, que quer Peterson em troca da segurança de Ace. Quando Coulson acompanha Peterson para uma troca de prisioneiros, Peterson revela que a Centopéia quer Coulson em troca de Ace e não ele, mas Peterson não pode continuar com essa traição. No entanto, Coulson, para salvar a vida de Ace, compromete-se a ser preso. Após a troca, Peterson tenta resgatar Coulson, mas a Centopéia desencadeia uma explosão, em que Peterson é presumido morto. Após Raina escapar com Coulson, ela diz que ele só precisa dar ao Projeto Centopéia as informações a respeito de como voltou à vida no dia seguinte que morreu.

Uma força misteriosa ameaça a equipe de Phil Coulson quando eles trazem uma suposta inspetora de segurança telecinética chamada Hannah Hutchins, que é responsabilizada por uma explosão que matou alguns técnicos em um Complexo de Aceleração de Partículas. Fitz e Simmons planejam uma brincadeira ao estilo acadêmico da SHIELD enquanto Skye vai atrás do passado de May. Depois que o avião faz um pouso de emergência, eles logo descobrem que a força misteriosa é na verdade um trabalhador do complexo de aceleração de partículas chamado Tobias Ford que está preso entre a Terra e o "inferno" após a explosão e tem como alvo Hannah para protegê-la daqueles que querem seu mal, ele causou acidentalmente a explosão para obter tempo com Hannah. Após a derrota de Tobias Ward, May consegue derrotar Tobias em um celeiro próximo e convence a deixar ela ir, fazendo Tobias desaparecer. Skye é agradecidas por Phil Coulson por identificar Tobias Ford e conhecer mais sobre o passado de May. Na cena final, a equipe de Coulson joga um jogo de Upwords quando Fitz entra com creme de barbear no rosto, sem saber que May foi quem puxou a brincadeira.

A equipe auxilia na limpeza da sequência dos acontecimentos de Thor: O Mundo Sombrio e procura em um complô para encontrar e montar três partes de um Berserker asgardiano, que impregna quem o toca com super força e uma raiva incontrolável. Eles se opõem a um grupo pagão de ódio na Noruega ajudado por um professor na Espanha chamado Dr. Elliot Randolph ( Peter MacNicol ). Tocando o pessoal, Ward revive uma lembrança traumática da infância envolvendo o irmão em um poço, e torna-se irritável, agressivo, e possuindo maior resistência. Seguindo as pistas para as peças da equipe, a equipe descobre que Randolph é realmente um asgardiano que viveu na Terra há séculos. A equipe recupera o artefato asgardiano em uma batalha com o grupo pagão, que repara-se, e Randolph está convencido a se mudar para Portland, onde Coulson oferece para apresentá-lo a Thor quando ele estiver na cidade. Mais tarde, Coulson tem um pesadelo sobre a sua recuperação no Tahiti.

Coulson e sua equipe chegam em uma base da SHIELD chamada HUB e recebem uma missão pela agente-diretora Victoria Hand ( Saffron Burrows ). A tarefa exige que Ward e Fitz vão para a Ossétia do Sul e desativem um dispositivo de arma chamado Overkill. Skye e Simmons tentam descobrir mais informações sobre a missão, já que elas não têm acesso a detalhes sobre a missão que foi classificada como nível 8. Simmons consegue tranquilizar o agente Jasper Sitwell que a pegou no ato de invadir arquivos ultrassecretos do nível 8. Skye deduz a partir da informação de que não há equipe de extração para pegar Ward e Fitz. Coulson chega e a interrompe. Depois de uma conversa com Victoria Hand, Coulson e o time procedem para resgatar Ward e Fitz que conseguem desativar o dispositivo Overkill. Depois, Coulson foi descobrir que a pessoa que trouxe Skye para o orfanato quando era jovem era uma agente da SHIELD não-identificada. No entanto, Coulson não lhe diz a verdade sobre o arquivo e pede a May para investigar discretamente o assunto. Na cena final, Coulson, querendo saber sobre a sua recuperação no Tahiti é negado ao acesso a informações sobre o nível 8, apesar de sua elevada depuração de nível na SHIELD. A pessoa no telefone pergunta se ele gostaria de obter a aprovação de Nick Fury para isso. Coulson recusa e desliga.

No início do episódio o Agente Coulson está em seu exame físico e no laboratório Ward está testando uma nova arma e diz que ela está ainda muito pesada. Quando Ward sai, Skye, Fitz e Simmons tiram sarro, fazendo impressões sobre ele. Então o Agente Coulson chama a equipe para investigar uma série de mortes, envolvendo levitação e anomalias eletrostáticas. Inicialmente, assumindo algum tipo de arma, a causa das anomalias está a ser descoberto, um vírus alienígena encontrado em um capacete Chitauri salvo da Batalha de Nova York que transforma as vítimas inconscientes em bombas eletrostáticas. Quando a agente Simmons fica infectada pelo vírus fatal, ela e o agente Fitz trabalham febrilmente sobre uma cura, enquanto Coulson ignora uma ordem direta para Simmons se sacrificar para salvar o resto da equipe. Com o tempo se esgotando, sua última tentativa de teste não foi bem sucedida e Simmons derruba Fitz para saltar do avião, mas Ward consegue salvá-la antes que ela mergulhe para a morte. Simmons, em seguida, recebe uma bronca do Agente Coulson. Uma vez fora de seu escritório, é revelado que Ward ouviu suas impressões sobre ele. Na cena final, o capacete é entregue à posse do Agente Blake , que avisa Coulson das consequências de desobedecer a uma ordem direta da sede.

Chan Ho Yin ( Louis Ozawa Changchien ) é um mágico de rua de Hong Kong, que sonha em se tornar algo mais. Ele revela a sua habilidade secreta pyrokinetica para Raina ( Ruth Negga ), a "garota do vestido de flores," titular que o seqüestra e lhe promete fama em troca de executar alguns testes em seus poderes. Ao ser informado do sequestro de Chan por seu treinador, a agente Chen Quan ( Tzi Ma ) e a equipe da SHIELD tenta rastrear seu paradeiro. Acham que foi o Rising Tide quem vazou a informação que levou à sua captura e a culpa cai sobre Skye. Ela protesta a sua inocência e acredita que ela conhece um outro hacker que poderia ter lançado a informação. Eles vão para Austin, Texas, onde é revelado que Skye tem uma relação com o dito de hackers Miles. Ambos são levados de volta para o ônibus em algemas, enquanto a equipe voa para Hong Kong para resgatar Chan. Chan descobre seus captores, que estão associados com o Projeto Centopéia, estão injetando-o com Extremis, o que aumenta a força de seus poderes de chamas. Ele se torna o Brasa. No entanto, Raina gira em torno de Chan e ordena que suas plaquetas do sangue a ser colhida para a posterior experimentação pelo Projeto Centopéia. Ao ser libertado durante uma incursão da SHIELD no Projeto facilidade Centipede, Brasa mata a agente Quan, ataca Coulson e May, e incinera a Dr. Debbie enquanto Raina escapa. Eles são obrigados a ativar o elemento instável do Extremis e matá-lo. Miles é liberado da custódia da SHIELD, mas colocado em liberdade condicional. Coulson é contatado por Ward que Skye havia cortado o mainframe para eles e não tem certeza se eles vão encontrar os cérebros por trás Centipede Projeto. Skye depois é duramente questionada por Coulson e em lágrimas revela que a razão pela qual ela está com a equipe e trabalhou para a Rising Tide é encontrar os pais desaparecidos, que foram conectadas para proteger de alguma forma. Coulson se compromete a ajudá-la. Na cena final, Raina visita um misterioso homem na prisão para discutir o resultado do experimento e pede-lhe para contatar a "clarividente".

Tem ocorrido uma série de roubos em todo o mundo e que são quase impossíveis prevê-los. Coulson e sua equipe investigam e descobrem a identidade do ladrão: uma antiga protegida, Akela Amadour ( Pascale Armand ). Coulson a tinha dada como morta e não acredita que ela é capaz de entrar para a SHIELD, apesar do argumento de May de que ela não é nada mais do que uma arma. A equipe quase a alcança, mas ela consegue escapar. Eles logo descobrem que ela está sendo chantageada através de uma câmera em seu olho (com funções backscatter X-ray), que tem uma bomba à prova de falhas, caso ela seja rebelde. Coulson a leva para o ônibus e seqüestra sua alimentação, então Ward pode assumir sua nova missão, eles tiram a bomba, enquanto os outros trabalham para remover a câmera do olho de Akela. Coulson pega até quem ele pensa que é o cérebro por trás dos roubos de Akela, mas o homem é rapidamente morto por um dispositivo semelhante ao de Akela. Akela é levada por policiais da SHIELD, embora Coulson promete que ela vai ter um julgamento justo. Antes de ela ir, Akela diz algo a May que parece ser diferente sobre Coulson. Depois, Fitz está jogando poker com Ward e zomba sua maneira de jogar. Ward não sabe que Skye está prestes a usar os óculos que ele usou para simular a visão de Akela para ajudar a fraude de Fitz, mas Fitz muda de idéia quando Skye diz a Fitz que ela vai vê-lo sem roupas, e ele sai. Ela então os liga para poder ver Ward.

A SHIELD busca por uma de suas posses, o Dr. Franklin Hall ( Ian Hart ), que foi sequestrado por seu ex-parceiro de pesquisa Ian Quinn ( David Conrad ), quando seus soldados usaram um dispositivo de gravidade sobre o comboio da SHIELD que o transportava. Ele quer usar Hall para assumir o controle sobre a gravidade do planeta através da construção de um gigante "gravitonium", um gerador. Em posição, Malta, sua equipe e os voluntários de Skye se infiltram na mansão de Quinn para que Coulson e Ward possam resgatar Hall. Skye engana Quinn fazendo-o acreditar que ela está traindo a SHIELD para a Rising Tide obter a sua guarda. No entanto, Coulson logo descobre que Hall perpetua sua própria fuga e quer destruir o dispositivo em massa. Hall acredita que ele está certo, mas Coulson avisa que isso iria acabar matando milhões de pessoas. Seu desacordo violento leva a Coulson ser forçado a não poupar Hall e ele cai no meio do gerador, aparentemente vaporizando-o. As ordens de Coulson são de que o gravitonium deve ser colocado sob alta segurança e fora dos arquivos. Na cena final, a SHIELD não percebe que Hall pode ainda estar vivo no "gravitonium".